Parcelles de Suvi Permanent

Permanent Sampling Plots

Reproductibilité

Pour reproduire ce document dynamique, incluant les analyses descriptives et graphiques :

  1. Cloner le dépot https://framagit.org/stafor/stafor.frama.io.
  2. Installer quarto
  3. Dans , installer et charger le package targets
  4. Lancer :
tar_make(script = "code/psp/_targets.r")

Parcelles de suivi à Mare Longue (MALO 2, 1 & 3 de haut en bas).

Exploration

Richesse spécifique

  • Nombre de taxons total:
[1] 85
[1] 85
  • Richesse spécifique par parcelle
MALO1 MALO2 MALO3
44 67 56

Effectifs

Individus vivants par parcelle par année

Dénominations des années d’inventaire pour comparaison

plot_id T annee
MALO1 T0 2005
MALO1 T1 2012
MALO1 T2 2090
MALO1 T3 2099
MALO2 T0 2012
MALO2 T1 2017
MALO2 T2 2022
MALO3 T0 2003
MALO3 T1 2007
MALO3 T2 2014
MALO3 T3 2019
MALO3 T4 2024

Vivants par parcelle par année (0 : non concerné)

Effectifs par classe de DBH

Effectifs par classe de taille.
plot_id T annee [0,1) [1,4) [4,8) [8,1e+04]
MALO1 T0 2005 0 3491 733 1106
MALO1 T1 2012 0 3053 637 1111
MALO1 T2 2090 0 0 0 685
MALO1 T3 2099 0 0 0 759
MALO2 T0 2012 43 3852 971 1244
MALO2 T1 2017 23 2763 285 502
MALO2 T2 2022 19 2103 643 1126
MALO3 T0 2003 0 0 0 898
MALO3 T1 2007 0 100 9 886
MALO3 T2 2014 0 2250 541 1145
MALO3 T3 2019 5 1919 523 1629
MALO3 T4 2024 3 1562 460 1558
  • Hétérogénéité des inventaires …
  • Pour le recrutement, analyse limitée aux individus > 4 en T3 (cf. MALO2 en 2016)
  • Nombreux individus < 1 cm sur MALO3 … origine ??

Abondance des espèces

Toutes parcelles confondues en T3 :

  • Grosses variations d’effectifs dues aux différences de limites d’inventaire
  • 42 espèces à plus de 10 individus
  • 5 espèces à 0 en T3
  • Quelques corrections à apporter, cf PSYJAM ? (ah ces M2…)
  MALO1 MALO2 MALO3
T0 5330 6110 898
T1 4801 3573 995
T2 685 3891 3936
T3 759 0 4076
T4 0 0 3583

Figures

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(`stat_ydensity()`).

Diameter distribution in three PSP per sampling year. x-logarithmic scale. Sampling years vary across plots.

Annexes

Espèces présentes dans les parcelles à T3

  MALO1 MALO3
ADEPAV 0 1
AGASAL 1 1
ALLBOR 1 0
ANTBOR 1 1
ANTMAD 0 1
ARTHET 1 1
BERBOR 0 1
BOEMAC 0 1
BRELAN 0 1
CALTAC 1 1
CASCOR 1 1
CASORI 0 1
CHACOR 0 1
CITAUR 0 1
CITRET 0 1
CLIHIR 0 1
CNEGLA 0 1
COFMAU 1 1
CYABOR 1 0
DIOBOR 1 1
DIODIG 1 1
DORAPE 1 1
DRAREF 0 1
DRYCAU 1 0
ERYLAU 1 1
FICDEN 0 1
FICLAT 1 1
FICMAU 1 0
FICREF 1 1
GAEVAG 0 1
HOMPAN 1 1
HYOIND 0 1
LABCAL 1 1
LEEGUI 0 1
LITCHI 0 1
LITGLU 0 1
MANIND 0 1
MEMCON 0 1
MEMCON? 0 1
MIMBAL 1 1
MOLALT 1 1
MYOOBO 0 1
NUXVER 1 1
OCHBOR 1 0
OCOOBT 1 1
PITSEN 1 1
POLAEM 0 1
POLREP 1 0
POUBOR 0 1
PSICAT 0 1
SCOHET 0 1
SIDBOR 1 1
SYZ 0 1
SYZBOR 1 1
SYZCUM 0 1
SYZCYM 1 1
SYZJAM 0 1
TABMAU 1 1
TAMELL 1 1
TREORI 0 1
XYLRIC 1 1

Effectifs par espèce par parcelle à T3

  MALO1 MALO3
ADEPAV 0 1
AGASAL 20 4
ALLBOR 2 0
ANTBOR 152 734
ANTMAD 0 12
ARTHET 3 75
BERBOR 0 64
BOEMAC 0 3
BRELAN 0 19
CALTAC 8 7
CASCOR 8 5
CASORI 0 1
CHACOR 0 779
CITAUR 0 6
CITRET 0 1
CLIHIR 0 6
CNEGLA 0 2
COFMAU 1 5
CYABOR 3 0
DIOBOR 22 19
DIODIG 17 7
DORAPE 37 458
DRAREF 0 13
DRYCAU 1 0
ERYLAU 2 148
FICDEN 0 5
FICLAT 8 17
FICMAU 9 0
FICREF 1 12
GAEVAG 0 16
HOMPAN 47 68
HYOIND 0 45
LABCAL 240 755
LEEGUI 0 1
LITCHI 0 3
LITGLU 0 16
MANIND 0 18
MEMCON 0 128
MEMCON? 0 1
MIMBAL 2 246
MOLALT 12 16
MYOOBO 0 31
NUXVER 64 12
OCHBOR 1 0
OCOOBT 13 30
PITSEN 1 19
POLAEM 0 1
POLREP 12 0
POUBOR 0 3
PSICAT 0 1
SCOHET 0 1
SIDBOR 3 30
SYZ 0 1
SYZBOR 14 59
SYZCUM 0 2
SYZCYM 21 75
SYZJAM 0 6
TABMAU 2 12
TAMELL 15 74
TREORI 0 1
XYLRIC 18 1 
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